Сюжет новели — безфабульний: за його основу взято не подієву інтригу, а характерну для імпресіонізму гру настроїв. В «Intermezzo» вони проходять через три фази:
- Депресія. Вона викликана великою душевною втомою ліричного героя, який перебуває в конфлікті з самим собою. Михайло Коцюбинський показує людину, захоплену виром історичних подій, поставлену у ситуацію морального і громадянського вибору. Психічний злам, що під впливом цих подій відбувається в душі героя, змінює його ціннісні орієнтації, руйнує внутрішню рівновагу, призводить до роздвоєння особистості, стає основою психологічної драми. Ліричний герой новели — надломлений інтелектуал-митець, який втомився від незліченних «треба» і нескінченні «мусиш», від болю й мерзенних вчинків людей, від жаху, бруду їхнього існування, виривається з лабетів «сього многоголового звіра», їдучи з міста в українське село. Прагнучи спокою й самотності, герой опиняється в майже повному безлюдді, наодинці з природою. Проте навіть там він не може відігнати спогадів про повішених, про розправи над людьми, що боролися за землю і волю; про це йому нагадують навіть клички вівчарок, викликаючи болісні асоціації.
- Спокійно-споглядальний стан. Цей стан з’являється під впливом гармонії, якої сповнене життя природи (головного героя). А природа в новелі — щось більше, ніж просто тло. Вона одухотворена, недарма ж на початку твору письменник подав перелік «дійових осіб», серед яких є і «Ниви в червні», і «Сонце», і «Зозуля», і «Жайворонки». Перебуваючи серед розкішної природи, герой поступово звільняється від песимізму. Він гладить руками «соболину шерсть ячменів, шовк колосистої хвилі», милується волошками, вдихає пахощі «білої піни гречок», і п’є «теплий зцілющий напій сонця», слухає пісню жайворонка. Це додає йому сил, відчуття якнайтіснішого зв’язку із землею. Так починається його одужання.
- Обурення, гнів, нетерпіння. У чарівну мелодію кононівських полів і небес вриваються дисонанси, викликані контрастом між прекрасною природою і потворною реальністю людського життя. Одним із таких є зустріч із селянином-трудівником, (кульмінація), розмова з яким викликає в митця і співчуття, і справедливе обурення, й гнів; пробуджує нове бажання до творчості й боротьби. Ліричний герой прощається з нивами і йде «між люди», в місто, служити своєю творчістю народові: «Душа готова, струни тугі, налагоджені, вона вже грає». Таким чином, у новелі зображено еволюцію внутрішнього стану митця, зміну його настроїв у ставленні до людей — від цілковитої байдужості, роздратування, навіть ненависті — до співчуття, готовності активно діяти на благо суспільства. Отже, головною думкою твору є усвідомлення того, що інтелігент, митець не може бути самотнім, він повинен служити своєю творчістю народові, частиною якого він є.